В одах средний заработок Анатолия Чубайса в «Роснано» составлял 120 млн рублей в год. За шесть лет олигарх заработал в общей сложности 714 млн. В 2014 году корпорация перестала публиковать информацию о доходах на своем сайте, в связи с упразднением должности гендиректора и переходом руководства в специально созданную для этого структуру ООО «Управляющая компания «Роснано», где Чубайсу принадлежит 1%.
В 2015 году зарплата олигарха увеличилась до 42-45 миллионов, а в итоге и до 180 млн. Параллельно УК «Роснано» каждый год получала по 3% от объема активов госкорпорации. Кроме этого, Чубайс выполнял сомнительные операции и имел от них доход. Так, в 2015 году он получил 1 млрд рублей от закрытого паевого инвестиционного фонда «Перспективные компании». В этом мероприятии его деловым партнером выступал бизнесмен со скандальной репутацией Борис Минц, который ретировался за границу после того, как в отношении него было открыто несколько уголовных производств за растрату средств банка «Открытие».
Также уже олигарх сотрудничал с американской фармацевтической компанией «Новамедика» — портфельная организация «Роснано». По трудовому договору сотрудничество приносило ему ежегодный доход в размере 200 тысяч рублей. Однако кодекс корпоративной этики «Роснано» гласит, что любая занятость в портфельной структуре, а также вознаграждение от нее представляют собой конфликт интересов, о котором Чубайс должен был сообщить руководству госструктуры, то есть самому себе.
Между тем, Чубайсу выплачивали совсем небольшие суммы – 30-60 тысяч рублей в год за чтение лекций в МФТИ, где он рассказывал об отсутствии веры в эффективность контроля за расходом бюджетных средств на науку.
В свое время Чубайс заявлял, что у компании много денег, но сейчас это утверждение олигарха рассыпается в пух и прах, поскольку структура находится на грани дефолта из-за того, что корпорация не в состоянии погасить долги по облигациям.